Die Wasserwacht-Bayern hat sich bei Ihrem Aufbau an die Struktur des Bayerischen Roten Kreuzes angelehnt.
Die 556 Ortsgruppen sind aufgeteilt in 73 Kreis-Wasserwachten. Über diesen stehen die fünf Wasserwachtsbezirke Oberbayern, Schwaben, Unterfranken, Ober- und Mittelfranken und Niederbayern/Oberpfalz. Oberstes Gremium ist die Landesleitung. Vorsitzender der Wasserwacht-Bayern ist Thomas Huber, Landtagsabgeordneter aus dem Landkreis Ebersberg.
In den fünf Bezirken gibt es jeweils hauptamtliche Beauftragte für die Wasserwacht, die sich um die Belange in den jeweiligen Regionen kümmern. In der Landesgeschäftsstelle des BRK in München ist auch die Geschäftsstelle der Wasserwacht angesiedelt.
Die fachliche Arbeit geschieht in Arbeitsgruppen des Ehrenamts. So gibt es neben der Technischen Kommission Landeslehrgruppen für die Ausbildungsbereiche Schwimmen, Rettungsschwimmen, Wasserretter, Motorboot, Führungskräfte und Tauchen. Dazu kommen Arbeitsgruppen für den Juniorwasserretter, Naturschutz, Beschaffung, Qualitätsmanagement, Wettbewerbe und PSNV.
Alle Mitglieder der Wasserwacht-Bayern sind ehrenamtlich und werden für Ihren Dienst nicht bezahlt. Dennoch werden Einsätze etc. abgerechnet um Mittel zu haben, mit denen die Ausrüstung auf dem neuesten Stand gehalten werden kann.
